Essenzialmente per non aver eseguito un terzo attacco. Wikipedia (il mio incoraggiamento):

Alla fine, cinque corazzate americane furono affondate, tre furono danneggiate e altri undici incrociatori, cacciatorpediniere e ausiliari furono affondati o gravemente danneggiato. I giapponesi hanno perso solo 29 aerei, mentre 74 sono stati danneggiati dal fuoco antiaereo da terra. Gli aeromobili danneggiati erano sproporzionatamente tuffanti e aerosiluranti, influenzando seriamente la potenza di fuoco disponibile per sfruttare il successo delle prime due ondate, quindi il comandante della prima flotta aerea, il vice ammiraglio navale Chuichi Nagumo, si ritirò. Yamamoto in seguito lamentò il fallimento di Nagumo nel prendere l'iniziativa di cercare e distruggere le portaerei statunitensi, assenti dal porto, o di bombardare ulteriormente varie strutture strategicamente importanti su Oahu . Nagumo non aveva assolutamente idea di dove potessero essere le portaerei americane, e rimanendo in stazione mentre le sue forze si lanciavano in cerca di loro correva il rischio che le sue stesse forze venissero trovate per prime e attaccate mentre il suo aereo era assente alla ricerca. In ogni caso, dopo aver recuperato l'aereo dalle prime due ondate, la luce del giorno era insufficiente perché le portaerei potessero decollare e recuperare un terzo prima che facesse buio, e ai cacciatorpediniere di scorta di Nagumo mancava la capacità di carburante per indugiare a lungo. Si è parlato molto del senno di poi di Yamamoto, ma, in linea con la tradizione militare giapponese di non criticare il comandante sul posto, non ha punito Nagumo per il suo ritiro.

che suggerisce che la critica potrebbe sono stati in qualche modo ingiusti.

Le "strutture strategicamente importanti" includevano le scorte di carburante:

Wikipedia:

è stato successivamente criticato per non essere riuscito a lanciare un terzo attacco, che avrebbe potuto distruggere le strutture di deposito e riparazione dell'olio combustibile. Ciò avrebbe potuto rendere inutilizzabile la più importante base navale statunitense nel Pacifico, soprattutto perché l'uso della base sottomarina e della stazione di intelligence presso l'installazione erano fattori critici nella sconfitta del Giappone.

Perché Yamamoto è stato uno dei pochi ammiragli della flotta giapponese a comprendere l'importanza della logistica. Altri ammiragli giapponesi, come Nagumo, misurarono il loro successo in base ai danni alle navi da guerra nemiche.

Nello specifico, Nagumo fu soddisfatto dei suoi due attacchi, che fecero saltare in aria la corazzata USS Arizona e ha gravemente danneggiato tutte le altre sette corazzate americane tranne una. Ciò mise fuori combattimento la flotta del Pacifico degli Stati Uniti per un po 'di tempo.

Ma Yamamoto voleva che Nagumo facesse un terzo attacco per distruggere le scorte di carburante e le strutture portuali. Ciò avrebbe causato più danni allo sforzo americano nel Pacifico che la perdita delle sue navi da guerra.

Yamamoto ha anche rimproverato l'ammiraglio Mikawa, che ha vinto una vittoria a Savo Island, per lo stesso errore . Mikawa ha affondato diversi incrociatori alleati con un attacco a sorpresa di mezzanotte, e poi ha lasciato la scena. Ma Yamamoto ha incolpato Mikawa per non aver distrutto i trasporti alleati, con i loro rifornimenti e rinforzi.

Yamamoto capiva meglio di altri ammiragli giapponesi che lo scopo di sconfiggere le navi da guerra nemiche era guadagnare il diritto di distruggere i loro bersagli "morbidi". Gli altri ammiragli ritenevano che l'affondamento delle navi nemiche fosse "sufficiente".

Because Nagumo's execution of the attack while a tactical victory, was a strategic missed opportunity. It did minimal damage to the primary strategic targets.

Pearl Harbor resurrection: the warships that rose to fight again
The target ship USS Utah, and the battleships USS Arizona and Oklahoma, were the only ships the Japanese left beyond repair.

Yamamoto planned Pearl Harbor, while Nagumo commanded the attack. Yamamoto criticized Nagumo's execution of the attack because it failed on three of Yamamoto's greatest strategic targets. Nagumo was too conservative and overly concerned with taking out Battleships rather than more important targets from Yamamoto's perspective.

1. Naguma's attack failed to destroy the 4.5 million gallons of fuel reserves both for ships and aircraft at Pearl Harbor. If those tanks had been destroyed it would have required the US Pacific Fleet to abandon Pearl Harbor as a forward base and required it to fall back on San Diego. It would have taken years for the US to rebuild those forward reserves and conducting the Pacific war from San Diego also would have greatly impacted the effectiveness US Navy's operations.
2. Naguma's failure to destroy the US Aircraft Carriers which meant the United States still had offensive capabilities which would come back to haunt Japan at the Battles of Coral Sea and most especially Midway.
3. The Pearl Harbor ship yards which would go on to return most of the ships sunk in pearl harbor to service within 3 months were not destroyed.

Harbor resurrection: the warships that rose to fight again
Within three months most of the smaller ships and three of the battleships – the USS Pennsylvania, the USS Maryland, and the USS Tennessee – were either returned to service or refloated and steamed to the continental US for final repairs.

Yamamoto and Nagumo are 2 very different officers. Yamamoto is someone who is flexible and see things 2-3 steps ahead whereas Nagumo is someone who follows the doctrine and mission objective to the letter. He isn't someone who can be left alone to take the initiative or to further an advantage gained.